Em 1791 o seminário foi erguido no parque do Bonjardim, sendo que pertenceu à Ordem de Malta e ao Priorado do Crato. Em 1360 deu-se um nascimento do Condestável D. Nuno Álvares Pereira, adorado como são Nuno de Santa Maria. 

Em 1884 o edifício foi encerrado e confiscado por ser dirigido pelos Padres Vicentinos, tendo reaberto em 1885 como colégio das Missões Ultramarinas. 

Em 1926 foi formado o conjunto de três seminários das Missões, de Tomar, de Cucujães e de Cernache do Bonjardim. Tendo, alguns anos depois sido transformadas para a sociedade portuguesa das Missões Católicas, hoje Sociedade Missionária da Boa Nova.