O início da construção da Igreja Matriz de Cernache do Bonjardim, em louvor a São Sebastião, padroeiro da freguesia, data de 1555. Prolongaram-se as obras até 1590, mas só dois anos depois foi colocada a cobertura interna.

Trata-se de uma igreja renascentista com teto tripartido, três altares de talha dourada e capela-mor com panos murários revestidos de azulejos figurativos.

Num estilo similar ao gótico, interiormente, o templo é dividido em três naves, sendo a nave central mais alta, separadas por cinco arcos torais de volta perfeita assentes em colunas toscanas. Ao fundo, vê-se o coro alto em madeira. Ladeando o arco triunfal, dois altares com retábulos de talha dourada, dedicados à Virgem Maria e ao Sagrado Coração de Jesus. Abrindo para a capela-mor, temos um arco triunfal de volta perfeita com pedra de armas em talha no fecho, encimado por nicho integrando a imagem de Cristo Crucificado e ladeado por colunas pseudo-salomónicas. A capela-mor é iluminada do lado do Evangelho, possuindo portas laterais semelhantes para acesso às sacristias. As paredes são revestidas por painéis de azulejos figurativos azuis e brancos, setecentistas, com cenas da vida de São Sebastião e ao centro possui um retábulo em talha dourada. É coberta por abóbada de berço com caixotões delimitados por frisos de cantaria.

As primeiras grandes obras de reforma do interior da igreja foram executadas em 1688, por iniciativa do vigário Eusébio Leitão de Andrade, que mandou aumentar a capela-mor e fazer o trono no altar-mor, que até aí não tinha.

No final do século seguinte, depois dos estragos sofridos devido ao terramoto de 1755, o interior do templo volta a sofrer novas reformas, entre 1790 e 1793, nomeadamente os altares de Nossa Senhora das Dores e de Santa Ana. No ano de 1798, foi edificada a nova capela do lado esquerdo dedicada ao Santíssimo Sacramento, instituída por Joaquim José Luís do Bonjardim.

Atualmente, esta igreja é composta pelo altar-mor e seis altares laterais e contempla azulejos setecentistas que revestem as paredes da capela-mor, sendo os tetos das naves forrados a madeira. Destaque, no lado do Evangelho, para o órgão positivo neoclássico.